কওমি মাদ্রাসা নিয়ে সমাজে দুই চরম অবস্থান রয়েছে। একদল এই ব্যবস্থার নিঃশর্ত প্রশংসা করে, আর অন্যদল একে সমস্যার উৎস হিসেবে দেখে। সাহিত্যিক ও কলামিস্ট মুসা আল হাফিজের মতে, সমাজতাত্ত্বিক দৃষ্টিকোণ থেকে কওমি মাদ্রাসা মূল্যবোধ, পরিচয় ও নেতৃত্ব গঠনের একটি গুরুত্বপূর্ণ মাধ্যম।

এই শিক্ষাব্যবস্থায় কুরআন ও হাদিসের গভীর অধ্যয়ন, কম খরচে শিক্ষা প্রদান ও নৈতিক পরিবেশের মতো প্রশংসনীয় দিক রয়েছে। তবে সাম্প্রতিক সময়ে শিশু নির্যাতন ও যৌন নিপীড়নের মতো কিছু গুরুতর অভিযোগ সামনে আসায় প্রতিষ্ঠানের প্রতি জনআস্থা ও নৈতিক বৈধতা ক্ষতিগ্রস্ত হচ্ছে।

এসব সমস্যা সমাধানে কওমি মাদ্রাসা বোর্ডের অধীনে লিখিত ও বাস্তবায়নযোগ্য শিশু সুরক্ষা নীতি প্রণয়ন জরুরি। শিক্ষক ও কর্মচারীদের জন্য সুস্পষ্ট আচরণবিধি, শিশু সুরক্ষা প্রশিক্ষণ, নিরাপদ অভিযোগ গ্রহণ ব্যবস্থা এবং অপরাধ প্রমাণিত হলে প্রচলিত আইনে দ্রুত শাস্তি নিশ্চিত করার তাগিদ দেওয়া হয়েছে।

একই সঙ্গে শিক্ষকদের জন্য খোদাভীতি, আধুনিক শিক্ষণ-পদ্ধতি, শিশু মনোবিজ্ঞান ও ডিজিটাল প্রযুক্তির ওপর নিয়মিত প্রশিক্ষণের পাশাপাশি উপযুক্ত বেতন, ন্যায্য কর্মপরিবেশ ও মানসিক সুস্থতা নিশ্চিত করা প্রয়োজন। এ ছাড়া শিক্ষার্থীদের সামাজিক সেবা, বিতর্ক ও গবেষণামূলক কার্যক্রমে যুক্ত করার ওপর জোর দেওয়া হয়েছে।

প্রশাসনিক স্বচ্ছতা ফেরাতে আবাসিক ব্যবস্থাপনা, আর্থিক হিসাব এবং বহিষ্কৃত শিক্ষকদের পুনরায় নিয়োগ বন্ধে একটি সমন্বিত তদারকি কাঠামো বিবেচনা করা যেতে পারে। ধর্মীয় গভীরতা ও প্রাতিষ্ঠানিক জবাবদিহির মধ্যে একটি সৃজনশীল ভারসাম্য নির্মাণই এখন কওমি মাদ্রাসার মূল চ্যালেঞ্জ।